Un Britannique et une Sud-Africaine en voyage de noce ainsi que leur guide ougandais avaient été tués alors qu'ils circulaient dans le parc Queen Elizabeth (ouest), dans une attaque revendiquée par l'EI.
Le président Yoweri Museveni avait condamné un "acte lâche", promettant que les auteurs "paier(aient) de leur misérable vie".
L'armée ougandaise a annoncé avoir mené une opération mardi soir sur le lac Edouard, à la frontière avec la République démocratique du Congo (RDC).
"Nous avons tué un nombre important de terroristes ADF impliqués dans l'attaque des deux touristes étrangers et de leur guide", a déclaré à l'AFP le porte-parole adjoint de l'armée, Deo Akiiki.
"Nos forces conjointes les ont suivis depuis l'attaque contre les touristes jusqu'à ce que nous les localisions alors qu'ils traversaient le lac Edouard sur des bateaux de nuit et que nous les éliminions", a-t-il ajouté.
"Nous sommes déterminés à éliminer tous les groupes (... ) des ADF afin de rendre notre pays sûr pour notre population et nos visiteurs", a-t-il également affirmé.
A l'origine des rebelles ougandais majoritairement musulmans, les ADF ont fait souche dans l'est de la RDC dans les années 1990. Ils ont prêté allégeance en 2019 à l'EI, qui revendique certaines de leurs actions et les présente comme sa "province d'Afrique centrale" (Iscap en anglais).
Ils sont accusés d'avoir massacré ces dernières années des milliers de civils en RDC et de mener des attaques jihadistes sur le sol ougandais.
L'Ouganda et la RDC ont lancé une offensi ve conjointe en 2021 pour chasser les ADF de leurs bastions congolais, sans parvenir jusqu'à présent à mettre fin aux attaques du groupe.
En juin, 42 personnes, dont 37 élèves, ont été tuées dans un lycée de l'ouest ougandais lors d'une attaque qui leur a été attribuée.
Le tourisme est l'une des principales sources de devises en Ouganda, contribuant à près de 10% du produit intérieur brut (PIB) l'année dernière, selon les chiffres du gouvernement.