Dans un communiqué, un porte-parole du groupe rebelle M23 a déclaré que la ville avait été "libérée". L'armée congolaise a refusé de commenter la situation.
Le conflit qui sévit depuis des décennies dans l'est du Congo a provoqué l'une des pires crises humanitaires au monde. Plus d'une centaine de groupes armés se battent pour le contrôle de cette région riche en minerais, située près de la frontière avec le Rwanda.
De nombreux groupes sont accusés d'avoir commis des massacres, des viols et d'autres violations des droits de l'homme. Les violences ont entraîné le déplacement d'environ 7 millions de personnes, dont beaucoup sont hors de portée de l'aide.
La ville de Rubaya possède des gisements de tantale, qui est extrait du coltan, un composant clé dans la production de smartphones.
Il fait partie des minerais cités au début du mois dans une lettre du gouvernement congolais interrogeant Apple sur la connaissance qu'aurait l'entreprise technologique de l'existence de "minerais de sang" introduits en contrebande dans sa chaîne d'approvisionnement.
"La chute de Rubaya est en quelque sorte l'incarnation de ce pillage systémique", a déclaré jeudi à l'AP Ernest Singoma, un activiste de la société civile à Goma.
Les combats se sont multipliés ces derniers mois entre les rebelles du M23 et les forces de l'armée congolaise, et ce alors que les Nations unies prévoient de retirer les forces de maintien de la paix de la région d'ici la fin de l'année.
John Banyene, un activiste de la société civile, a déclaré à l'AP que les rebelles avançaient vers la ville de Goma, qui est la plus grande ville de l'est du Congo et la capitale de la province du Nord-Kivu.
"Toutes les voies d'approvisionnement de la ville sont bloquées", a déclaré M. Banyene, "nous nous débrouillons à peine".
Le président congolais Felix Tshisekedi affirme que le Rwanda déstabilise le Congo en soutenant les rebelles du M23. Les experts de l'ONU, ainsi que le département d'État américain, ont également accusé le Rwanda de soutenir les rebelles. Le Rwanda nie ces accusations.
En début de semaine, le président français Emmanuel Macron a appelé le Rwanda voisin à cesser son soutien au groupe rebelle M23 lors d'une conférence de presse conjointe avec M. Tshisekedi à Paris.
Onesphore Sematumba, analyste à l'International Crisis Group, a déclaré que la capture de Rubaya était un développement important dans le conflit. "Rubaya possède des gisements miniers et cela permettra sans aucun doute au M23 de les exploiter", a-t-il déclaré à l'AP.
Le Mouvement du 23 mars, ou M23, est un groupe militaire rebelle composé principalement de membres de l'ethnie tutsie qui s'est détaché de l'armée congolaise il y a un peu plus d'une décennie.
Il a lancé une vaste offensive en 2012 et s'est emparé de la capitale provinciale de Goma, près de la frontière avec le Rwanda, ville qu'il menace à nouveau.