Le ministère a indiqué qu'Eliav Belotsercovsky avait reçu l'ordre jeudi, mais n'a pas donné de détails sur sa conduite.
"L'ambassadeur Belotsercovsky est appelé à se conduire conformément aux conventions de Vienne, qui accordent aux chefs de mission diplomatique certains privilèges et responsabilités, dont la principale est de reconnaître les décisions souveraines du pays hôte", a déclaré le ministère sud-africain.
"L'ambassadeur Belotsercovsky a de nouveau été appelé à transmettre les préoccupations du gouvernement sud-africain à Tel-Aviv", ajoute le communiqué.
L'ambassade d'Israël n'a pas répondu immédiatement à une demande de commentaire.
L'Afrique du Sud a décidé de rappeler ses diplomates d'Israël cette semaine afin d'évaluer ses relations avec le pays, alors que le nombre de victimes civiles augmente dans la guerre que mène Israël contre le groupe de résistance palestinien Hamas dans la bande de Gaza.
L'Afrique du Sud est depuis longtemps un défenseur de la paix au Moyen-Orient et s'est ralliée aux Palestiniens, comparant leur situation à celle de l'Afrique du Sud avant la fin de l'apartheid en 1994. Israël rejette cette comparaison.
La déclaration de vendredi réitère les appels à un cessez-le-feu et indique que l'Afrique du Sud souhaite que la Cour pénale internationale enquête sur les dirigeants d'Israël pour crimes de guerre, crimes contre l'humanité et génocide.
Elle a également condamné les attaques du 7 octobre contre des civils par le Hamas et a déclaré que ces actions devraient faire l'objet d'une enquête pour crimes de guerre.
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