Ces soldats sont détenus dans au moins quatre prisons de ce pays d'Afrique centrale, rapporte l'Associated Press, citant des sources au sein de l'administration pénitentiaire.
Selon deux officiers de l'armée et plusieurs gardiens de prison qui ont parlé à l'AP, les arrestations de soldats "dissidents" ont commencé en décembre, avec plus de 200 détenus.
Au moins 103 d'entre eux sont détenus dans la prison de Rumonge, dans le sud-ouest du pays, ont indiqué deux gardiens de prison. D'autres sont emprisonnés dans des centres de détention provisoire à Ngozi dans le nord, à Ruyigi dans l'Est et à Bururi dans le Sud, selon les gardiens de prison de chacun de ces établissements pénitentiaires.
"Certains ont déjà été renvoyés de l'armée, mais il y en a aussi qui ont été acquittés. Ce n'est pas un secret que de nombreux soldats sont détenus pour ces actes", rapporte AP.
Les autorités burundaises n'ont pas commenté les arrestations de soldats qui refusent d'être déployés de l'autre côté de la frontière. Elle n'ont pas non plus dévoilé l'effectif des troupes burundais déployés dans l'Est de la RDC.
Le porte-parole militaire burundais, Gaspard Baratuza, n'a pas répondu aux demandes de commentaires.
"Aider le Congo, c'est défendre notre pays"
Les affrontements entre le M23, soutenu par le Rwanda selon les États-Unis, et les troupes congolaises se sont intensifiés ces dernières semaines, les rebelles menaçant la ville congolaise de Goma, à la frontière avec le Rwanda.
Le président burundais Évariste Ndayishimiye a reconnu, lors d'une émission publique le 29 décembre, la présence de troupes burundaises dans l'Est du Congo en vertu d'un pacte de défense conclu avec les autorités congolaises.
"Si tu n'aides pas ton voisin à éteindre le feu quand sa maison brûle, demain, si c'est ton tour, il ne viendra pas t'aider", a-t-il déclaré. "Quand le Burundi va aider (le Congo), il se défend".
Il a déclaré dans ce discours qu'il était "normal que des soldats burundais soient tués sur le territoire congolais".
Les tensions se sont accrues dans la région des Grands Lacs, le Rwanda, le Burundi et la RDC s'accusant mutuellement de soutenir les groupes rebelles violents qui opèrent dans l'Est de la RDC.
Le président congolais Felix Tshisekedi a accusé le gouvernement rwandais de soutenir activement le M23, qui contrôle des territoires situés près de la frontière rwandaise. Des experts de l'ONU ont cité des "preuves solides" selon lesquelles des membres des forces armées rwandaises menaient des opérations de soutien aux rebelles dans l'est du Congo.
Kigali a toujours nié soutenir le M23.
Dans le même temps, le Burundi accuse le Rwanda de soutenir un autre groupe rebelle basé au Congo et opposé au gouvernement burundais. Ce groupe, connu sous le nom de RED-Tabara, a revendiqué la responsabilité de plusieurs attaques meurtrières au Burundi. La dernière attaque, qui a fait au moins neuf morts, a eu lieu dimanche.
Le mois dernier, le Burundi a suspendu ses relations diplomatiques avec le Rwanda et fermé sa frontière, en réaction au soutien présumé du Rwanda au RED-Tabara, qui est basé dans la province du Sud-Kivu, au Congo.
Le Rwanda nie cette allégation.
Washington a appelé à une désescalade des tensions dans l'Est du Congo, où le M23 est l'un des plus de 100 groupes armés actifs qui cherchent à obtenir une part de l'or et des autres ressources de la région tout en perpétrant des massacres.
Les autorités rwandaises ont fait part de leurs inquiétudes concernant ce groupe armé dans un communiqué publié la semaine dernière, rejetant les appels des États-Unis demandant au Rwanda de retirer ses troupes et ses systèmes de missiles du territoire congolais.