C'est la dernière tragédie impliquant des personnes cherchant à atteindre l'Europe à travers ce pays d'Afrique du Nord en proie au chaos.
La première fosse commune contenant 19 corps a été découverte vendredi dans une ferme de la ville de Kufra, dans le sud-est du pays, a indiqué la direction de la sécurité dans un communiqué, ajoutant que les autorités les avaient emmenés pour autopsie.
Les autorités ont publié sur leur page Facebook des images montrant des policiers et des médecins en train de creuser dans le sable et de récupérer des cadavres enveloppés dans des couvertures.
L'organisation caritative al-Abreen, qui aide les migrants dans l'est et le sud de la Libye, a déclaré que certains avaient apparemment été tués par balle avant d'être enterrés dans la fosse commune.
Une autre fosse commune contenant au moins 30 corps a également été découverte à Kufra après une descente dans un centre de trafic d'êtres humains, selon Mohamed al-Fadeil, chef de la chambre de sécurité de Kufra.
Des survivants ont déclaré que près de 70 personnes avaient été enterrées dans la fosse, a-t-il ajouté. Les autorités continuent de fouiller la zone.
Les charniers de migrants ne sont pas rares en Libye.
L'année dernière, les autorités ont déterré les corps d'au moins 65 migrants dans la région de Shuayrif, à 350 kilomètres au sud de la capitale, Tripoli.
La Libye est le principal point de transit pour les migrants d'Afrique et du Moyen-Orient qui tentent de gagner l'Europe. Le pays a plongé dans le chaos à la suite d'un soulèvement soutenu par l'OTAN qui a renversé et tué Moammar Kadhafi en 2011.
La Libye, riche en pétrole, a été gouvernée pendant la majeure partie de la dernière décennie par des gouvernements rivaux dans l'est et l'ouest du pays, chacun soutenu par un ensemble de milices et de gouvernements étrangers.
Les trafiquants d'êtres humains ont profité de plus d'une décennie d'instabilité pour faire passer clandestinement des migrants à travers les frontières du pays avec six pays, dont le Tchad, le Niger, le Soudan, l'Égypte, l'Algérie et la Tunisie.
Une fois arrivés sur la côte, les trafiquants entassent les migrants désespérés en quête d'une vie meilleure en Europe dans des canots pneumatiques mal équipés et d'autres embarcations pour des voyages risqués sur la périlleuse route de la Méditerranée centrale.
Depuis des années, les groupes de défense des droits et les agences de l'ONU font état d'abus systématiques à l'encontre des migrants en Libye, notamment de travail forcé, de passages à tabac, de viols et de tortures.
Ces mauvais traitements vont souvent de pair avec des tentatives d'extorsion de fonds auprès des familles avant que les migrants ne soient autorisés à quitter la Libye sur les bateaux des trafiquants.
Ceux qui ont été interceptés et renvoyés en Libye - y compris des femmes et des enfants - sont détenus dans des centres de détention gérés par le gouvernement où ils subissent également des abus, notamment des tortures, des viols et des extorsions, selon des groupes de défense des droits et des experts de l'ONU.