M. Villavicencio, un centriste de 59 ans, journaliste de profession, était l'un des huit candidats au premier tour de la présidentielle prévu le 20 août.
Il a été tué alors qu'il sortait d'une salle omnisports dans le nord de la capitale, après un meeting de campagne.
Le parquet a fait état de "neuf blessés, dont une candidate à l'Assemblée, et deux policiers", en plus de la mort de l'un des assaillants, abattu par la sécurité.
Fernando Villavicencio se classait deuxième en intentions de vote avec environ 13%, selon les derniers sondages de l'institut Cedatos, derrière l'avocate Luisa Gonzalez (26,6%), proche de l'ex-président de gauche Rafael Correa.
"Menace gravissime"
La semaine précédente, M. Villavicencio avait fait état de menaces contre lui et son équipe de campagne, prétendument adressées par le chef d'une bande criminelle liée au narcotrafic actuellement en prison.
"Malgré les nouvelles menaces, nous continuerons de lutter pour les braves gens de notre Equateur", avait alors écrit l'ex-député sur X, nouveau nom du réseau social Twitter, précisant avoir reçu une "menace gravissime" de "alias Fito", leader de la bande "Los Choneros".
"Je suis indigné et choqué par l'assassinat du candidat à la présidence Fernando Villavicencio", a écrit le président Guillermo Lasso sur X. "Je vous assure que ce crime ne restera pas impuni", a-t-il promis.
"Le crime organisé est allé très loin, mais tout le poids de la loi s'abattra sur lui", a-t-il ajouté.
M. Lasso a convoqué en urgence dans la soirée une réunion des hauts responsables de la sécurité et d'institutions publiques telles que la Cour nationale de justice (CNJ), plus haute juridiction du pays.
"Je suis vraiment blessé et très préoccupé pour l'Equateur", a exprimé le président de la CNJ, Ivan Saquicela.
Ces dernières années, l'Equateur est confronté à une vague de violence liée au trafic de drogue qui, en plein processus électoral, a déjà entraîné la mort d'un maire et d'un candidat au Parlement.
La présidente du Conseil national électoral (CNE), Diana Atamaint, avait en outre indiqué mercredi que plusieurs membres de cette autorité chargée de superviser le scrutin avaient reçu des menaces de mort.
En amont des élections locales de février, deux candidats au poste de maire avaient été assassinés.
Le nombre d'homicides pour 100.000 habitants s'est établi à 25 en 2022 dans le pays, presque le double par rapport à 2021.
"Méthode Sicario"
Le principal journal local, El Universo, a affirmé que M. Villavicencio avait été assassiné "selon la méthode des sicarios (tueurs à gages), avec trois balles dans la tête".
Le médecin Carlos Figueroa, un ami de la victime présent sur les lieux au moment de l'assassinat, a indiqué à la presse qu'il avait entendu une trentaine de coups de feu.
"Ils lui ont tendu une embuscade à l'extérieur" de la salle où il tenait son meeting, a expliqué M. Figueroa. "Certains (des témoins) ont cru à des feux d'artifice".
La police a fait sauter un engin explosif qui avait été posé dans la zone de l'attentat, a dit Alain Luna, responsable des investigations des forces de sécurité.
Quand il était le président de la commission en charge de la Fiscalité à l'Assemblée dissoute par M. Lasso en mai, Fernando Villavicencio dénonçait régulièrement des cas de corruption, comme il en avait l'habitude au cours de sa carrière de journaliste.
Il a notamment contribué, dans une enquête journalistique, à mettre au jour un vaste réseau de corruption impliquant l'ex-président Rafael Correa (2007-2017) qui a été condamné par contumace à huit ans de prison. M. Correa est réfugié en Belgique.
Après la mort de M. Villavicencio, Luisa Gonzalez, le leader indigène de gauche Yaku Perez (troisième dans les sondages avec 12,5% des intentions de vote), l'ancien vice-président de droite Otto Sonnenholzner (4e à 7,5%) et Jan Topic (droite, 6e à 4,4%), ont annoncé la suspension de leur campagne.
Le décès de M. Villavicencio ne devrait pas entraîner le report de l'élection, a affirmé le constitutionnaliste Ismael Quintana sur X, expliquant qu'"il appartient à l'organisation politique de le remplacer par un autre candidat".
