Né au Kenya et âgé de 34 ans, Kiplagat avait représenté l'Ouganda sur 3.000 mètres steeple lors de plusieurs éditions des Jeux Olympiques et des championnats du monde.
Son corps a été trouvé samedi soir à l'intérieur d'une voiture dans les environs d'Eldoret, une ville en altitude de la Vallée du Rift où de nombreux athlètes spécialistes du fond et du demi-fond s'entraînent.
"Une enquête a été ouverte et les policiers cherchent des pistes", a indiqué aux médias locaux un responsable de la police kényane, Stephen Okal.
Il a précisé qu'une plaie au cou avait été constatée sur son corps, laissant supposer que le coureur a été poignardé.
Le quotidien ougandais Daily Monitor et plusieurs médias kényans ont rapporté que l'athlète avait été "tué à l'arme blanche".
Dans un communiqué, World Athletics, la fédération internationale d'athlétisme, a exprimé sa stupéfaction et sa tristesse à l'annonce de sa mort.
"Nous adressons nos plus profondes condoléances à ses amis, sa famille, ses coéquipiers et aux athlètes.
Nos pensées les accompagnent tous en ces moments difficiles", ajoute World Athletics.
Le ministre ougandais des Sports, Peter Ogwang, a salué la mémoire d'"un athlète qui nous avait représenté à plusieurs occasions sur la scène internationale".
Selon des médias, Kiplagat était en stage d'entraînement dans la région d'Eldoret.
Au cours de sa carrière qui s'est étalée sur 18 ans, il a brillé dans les catégories de jeunes, décrochant notamment la médaille d'argent lors du 3.000 m steeple des championnats du monde junior en 2008.
Médaillé de bronze aux c hampionnats d'Afrique en 2012, il a atteint les demi-finales aux Jeux olympiques de Londres en 2012 et a également pris part aux Jeux de Rio, quatre ans plus tard.