Les bureaux de vote ont ouvert à 06H00 (03H00 GMT) et les dépouillements ont commencé 17H00 (14H00 GMT), à la lueur de torches et de bougies dans plusieurs bureaux de la capitale Antananarivo plongée dans l'obscurité en raison d'une panne d'électricité, ont constaté des journalistes de l'AFP.
Environ 11,5 millions d'électeurs étaient appelés à se rendre aux urnes pour renouveler entièrement l'Assemblée nationale. Les résultats doivent être annoncés courant juin.
Distribuant promesses d'infrastructures, kits solaires et sacs de riz, M. Rajoelina a de nouveau sillonné le pays en amont du scrutin, six mois après la présidentielle.
"L'Assemblée nationale est le palais de la démocratie: c'est là que l'on peut s'exprimer et débattre, la démocratie y règne", a assuré mercredi après avoir voté le chef d'Etat de 49 ans.
La présidentielle avait été boycottée par l'opposition, qui a dénoncé des irrégularités lors du scrutin. Des manifestations avaient eu lieu quasi quotidiennement avant l'élection.
Les Etats-Unis et l'Union européenne avaient dénoncé un usage excessif de la force lors de ces protestations réprimées par des tirs de gaz lacrymogène.
Mercredi, plusieurs opposants et candidats indépendants à un siège de député ont dénoncé des irrégularités aux législatives. Une plateforme d'opposition rassemblant deux anciens présidents a appelé les électeurs à suivre le dépouillement "pour protéger leur choix".
"Aujourd'hui, les dirigeants respectent les lois qui favorisent leurs affaires, bafouent celles qui ne leur conviennent pas et les font changer selon leur bon vouloir", a lâché un père de famille, qui s'est rendu aux urnes dans la capitale mais n'a pas souhaité donner son nom.
Madagascar, grande île de l'océan Indien, compte 28 millions d'habitants.
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