Les services de secours ont dénombré "11 cas de décès et 88 cas de blessés graves", a déclaré Jean Traoré, lors d'une réunion avec le ministre des Affaires étrangères et des ambassadeurs.
Le bilan n'est que provisoire, car les prises en charge sont encore en cours, a-t-il ajouté. Un précédent bilan faisa it état d'au moins huit morts.
L'explosion, accompagnée d'un incendie, a eu lieu peu après 00H30, dans le quartier administratif et des affaires de Kaloum, près du port, selon des médias guinéens et des habitants contactés par l'AFP.
Une épaisse fumée s'élevait lundi matin vers le ciel alors que des habitants fuyaient la zone de l'incident, selon des images sur les réseaux sociaux.
Des dizaines de véhicules de la protection civile étaient dans la même zone, selon des témoins.
"Kaloum est en train de brûler. Le secteur du port est complètement barricadé par les forces de l'ordre et les sapeurs pompiers courraient vers le (lieu) du sinistre", a indiqué à l'AFP un habitant de la zone, joint au tél éphone par l'AFP.
"Le courant est complètement coupé dans le secteur", a dit à l'AFP Thierno Diallo, qui s'est présenté comme un douanier.
Le gouvernement a annoncé que les écoles resteraient fermées lundi et demandé aux travailleurs de rester chez eux, quelques heures après un incendie dans le principal dépôt de carburant du pays à Conakry.
"Les travailleurs du secteur public et privé sont invités à rester chez eux" et "les établissements scolaires publics et privés seront fermés", a annoncé le gouvernement dans un communiqué.
L'incendie "d'origine inconnue" s'est déclaré dans la nuit et son "ampleur et ses conséquences pourraient directement impacter les populations", a-t-il dit.