Les autorités locales ont appelé vendredi le gouvernement de Kinshasa à leur venir en aide.
Des pluies torrentielles se sont abattues ces derniers jours sur Uvira, dans la province du Sud-Kivu, frontalière de Bujumbura, capitale économique du Burundi elle aussi touchée par les inondations.
"Au moins 4.500 maisons se sont écroulées, plus de 2.000 parcelles ont disparu et plus de 7.000 ménages ont été affectés par le débordement des rivières en crue et la montée des eaux du lac Tanganyika", a expliqué Dominique Kalonzo, responsable de communication à la mairie d'Uvira.
M. Kalonzo a aussi indiqué que 53 écoles étaient "envahies par les eaux", selon un rapport de la mairie établi en début de semaine.
"Les sinistrés ont été accueillis dans des familles et d'autres passent la nuit à la belle étoile", a déclaré M. Kalonzo.
"Un appel urgent est ainsi lancé par la mairie d'Uvira au gouvernement congolais et aux humanitaires, car Uvira risque d'être frappée par des épidémies", s'est-il inquiété.
Depuis des semaines, des fortes pluies s'abattent sur la région, faisant monter les eaux du Tanganyika et les multiples rivières qui se jettent dans ce lac, deuxième plus grand d'Afrique.
"C'est vraiment une situation inquiétante, même la route nationale 5, sur le tronçon Uvira-Fizi, est envahie par les eaux", a déclaré Santos Kitandala, un militant de la société civile Fizi.
"Il y a tout un grand marché, le marché de Mwemezi, qui est englouti, de même que plusieurs bureaux administratifs", a-t-il également regretté.
Les crues touchent aussi la ville de Kalemie, plus au sud.
Au-délà de la RDC, l'Afrique de l'Est connaît des pluies torrentielles qui ont causé la mort d'au moins 58 personnes en Tanzanie durant la première quinzaine d'avril et de 13 autres au Kenya.
Au Burundi, l'un des 20 pays les plus vulnérables au changement climatique selon l'Organisation internationale pour les migrations (OIM), les pluies ont été quasiment ininterrompues depuis septembre, au lieu des deux saisons des pluies habituelles (septembre-janvier et mars-mai).