La FIFA n'a pas publié les détails du verdict rendu par les juges de sa commission de discipline, qui avaient enquêté sur des accusations relatives aux "règles élémentaires de conduite" et à un "comportement qui jette le discrédit sur le sport du football ou la FIFA".
Rubiales fait également l'objet d'une enquête pénale en Espagne pour avoir embrassé la joueuse Jenni Hermoso sur les lèvres après la victoire 1-0 de son équipe sur l'Angleterre le 20 août à Sydney, en Australie. Il a nié avoir commis des actes répréhensibles devant un juge de Madrid qui a imposé à Rubiales une interdiction d'entrer en contact avec Hermoso.
Au coup de sifflet final à Sydney, Rubiales s'était saisi l'entrejambe en signe de victoire dans la section exclusive des sièges où se tenaient la reine Letizia d'Espagne et la princesse Sofía, âgée de 16 ans.
Rubiales a été démis de ses fonctions par les juges de la FIFA au cours de leur enquête, et ils ont également cité un troisième incident - "porter le joueur espagnol Athenea del Castillo sur son épaule pendant les célébrations d'après-match" - dans une décision pour expliquer pourquoi il a été suspendu provisoirement.
Rubiales a également dû renoncer à sa vice-présidence de l'UEFA, l'instance européenne du football, qui lui versait 250 000 euros (265 000 dollars) par an. L'UEFA a par la suite remercié Rubiales pour ses services dans un communiqué.