Les trois hommes avaient été arrêtés en novembre après s'être rendus à Bamako, pour ce qu'ils pensaient être des négociations de routine avec le pouvoir.
Mais le directeur général britannique Terence Holohan et deux de ses collègues ont été arrêtés pour être interrogés.
"Les trois responsables de la société australienne qui avaient été interpellés sont remis en liberté après la signature d'un protocole d'accord entre les deux parties", a déclaré une source judiciaire.
Depuis qu'ils ont pris le pouvoir, les dirigeants militaires du Mali ont promis de récupérer les revenus de l'exploitation de l'or auprès des sociétés étrangères opérant dans le pays.
Resolute détient 80 % d'une filiale qui possède la mine de Syama, dans le nord-ouest du pays, l'État malien contrôlant les 20 % restants, selon le site web de la société.
"Le PDG et les deux autres responsables de la société ont été effectivement libérés", a précisé un responsable malien de la mine d'or de Syama.
C'est la deuxième fois au cours des derniers mois que des employés d'une société minière étrangère sont détenus.
Le paiement de 160 millions de dollars constitue un obstacle important pour Resolute, qui, selon ses états financiers, détient 157 millions de dollars en liquidités.
Resolute a déclaré qu'elle verserait au gouvernement malien 80 millions de dollars prélevés sur les "réserves de trésorerie existantes", et qu'elle effectuerait un autre paiement de 80 millions de dollars dans les "mois à venir".
